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玉石工藝品廠家指出瑪瑙不屬于水晶，雖然兩者的成分都是二氧化硅，但是瑪瑙屬于多晶質集合體，而水晶屬于單晶體寶石。并且從兩者的密度來看，瑪瑙的密度為2.6克～2.7克/立方厘米，而水晶的密度為2.65克/立方厘米。
從瑪瑙和水晶的物理性質來看也有所不同，瑪瑙的密度為2.6克～2.7克/立方厘米，硬度為6.5～7，比重為2.55～2.91。而水晶的密度為2.65，其硬度為7，雙折射率為0.009。
從瑪瑙和水晶的紋理和光澤來看，天然瑪瑙的紋理會比較自然、流暢，可以呈現出油脂或玻璃光澤，且具有較強的層次感。而水晶多為透明狀，它的透明度越高，檔次也就會越高。
雖然和水晶種種相似，但卻可以說成是玉的一種，因為像黃龍玉一樣的石英類都化為玉的一類了。不過現在瑪瑙已經做為單獨種類也有其獨特的收藏價值。
水晶是一種單晶體的寶石，已壞水晶就是一個單一的晶體，有二氧化硅組成；瑪瑙則屬于多晶質集合體寶石，如果把瑪瑙放到顯微鏡下你就會發現它實際上是由無數未下的二氧化硅類晶體組成的，你也可以想象成瑪瑙是無數細小的水晶組成的，所以瑪瑙往往是半透明的，為水晶一般都是透明的。由于化學成分相同，水晶和瑪瑙往往會以共生關系出現。
